1393년(태조2) 9월 14일에 중방(重房) 폐지와 동시에 기존 삼군총제부(三軍摠制府)를 의흥삼군부(義興三軍府)로 개편하였으며, 1400년(정종2) 4월에 삼군부로 개칭하였다. 이 시기의 삼군부 개칭은 '중추원을 고쳐 삼군부로 삼았다(改中樞院爲三軍府)'는 [정종실록] 1400년 4월 6일자 기사에 의거한 것으로, 중추원의 왕명 출납 기능을 신설된 승정원(承政院)에 이관하고 나머지 중추원 기능과 의흥삼군부를 합쳐 삼군부로 개편한 것이며, 의흥삼군부라는 명칭은 그 후에도 계속 사용되었다.
이후 삼군부는 1401년(태종1) 7월에 승정원과 통합되어 승추부(承樞府)로 개편되면서 소멸되었는데, 그 기능은 1403년(태종3)년 6월의 삼군도총제부(三軍都摠制府), 1409년(태종9) 8월의 삼군진무소(三軍鎭撫所), 동년 8월의 의흥부(義興府), 1418년(태종18) 8월의 의건부진무소(義建府鎭撫所), 세종 즉위 직후인 1418년 9월에 의건부를 흡수한 삼군도총제부(삼군부), 1432년(세종14) 3월의 중추원으로 이어졌으며, 1457년(세조3)년 4월에 오위진무소(五衛鎭撫所)가 새로 설치된 후, 1466년(세조12) 1월 15일 이후 오위도총부(五衛都摠府)로 계승되었다. 이때 오위진무소와 양립하던 중추원이 중추부(中樞府)로 개칭되어 산직(散職) 관청이 되었다.
1865년(고종2) 3월에 비변사 (備邊司) 체제를 혁파한 후, 5월에 국초(國初) 삼군부 청사가 있던 의정부 건너편 예조 자리에 삼군부를 복설하였다(정식 복설은 1868년 3월 23일). 비변사를 흡수한 의정부의 권한이 필요 이상으로 강화되자 군령권(軍令權)을 새로 설치한 삼군부에 맡김으로써 문무(文武) 최고 관청 사이의 균형을 맞춘 것이다. 1880년(고종17) 12월에 삼군부를 폐지하여 통리기무아문(統理機務衙門) 청사로 삼았다가 1882년(고종19)년 6월의 임오군란(壬午軍亂) 직후 통리기무아문을 혁파하고 다시 복설하였다. 동년 12월 22일에 기무처(機務處)와 함께 통리군국사무아문(統理軍國事務衙門)으로 흡수되면서 완전 폐지되었다.
고종 연간의 삼군부 직제는, 1868년(고종5) 3월에 전현직 장신(將臣) 가운데 정1품 대광보국숭록대부에게 영사(領事)를, 상보국숭록대부와 보국숭록대부에게 판사(判事)를, 종1품에게 행지사(行知事)를, 정2품에게 지사(知事)로 겸직하게 하는 것을 하였으며, 동년 6월에는 현직 세 의정(議政)이 삼군부의 도제조(都提調), 병조판서가 제조(提調)를 예겸(例兼)하게 하여 정1품 관청으로서의 지위를 확고하게 하였다. 또 훈련도감, 금위영, 어영청의 대장과 총융사를 유사당상(有司堂上)으로 삼았으며, 이듬해 4월부터는 전직 대신(大臣)이 도제조를 겸하게 하였다.
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삼군부
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